Count Nuclei

Count Nuclei Application Module
Count Nueclei モジュールは、画像中の細胞核ひとつひとつを同定します。このセグメンテ
ーションは異なるカラーインデックスで近接する核でも別々に表示することができます。
アプリケーションモジュールは１６ビット画像を解析して、１６ビットのセグメント画像
を作成します。解析設定は Approximate minimum nuclei width および Approximate
maximum nuclei width,そしてバックグランド値からの minimum gray level intensity の
３つです。
留意：Count Nuclei ドロップインは、Meta Imaging Series Administrator で選択されて
いることが必要です。
参考：ダイアログボックスを選択して F1 キーを押すと MetaMorph Help を参照すること
ができます。
Count Nuclei モジュールによる解析設定
１、MetaMorph ソフトウェアを起動し、解析する核画像を表示します。
２、App Menu から Count Nuclei を選択して、Count Nuclei ダイアログボックスを開き
ます。
３、Source image をクリックして、核染色画像を選択します。
４、Display result image にチェックをするとセグメント画像を表示することができます。
画像の名称をクリックして適当な名称をタイプし、ブルーのボタンをクリックして
New（解析ごとにセグメント画像を新たに表示）あるいは Overwrite（同じ名称でセ
グメント画像を上書き表示）を選択します。
５、Region Menu から Region Tools を選択して Single Line tool をクリックします。
Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (1/6)
６、マウスポインタを核画像のもっとも幅の狭い核に移動します。
７、核の端にポインタを合わせてクリックします。
８、ポインタを反対の端に移動し、L:の後の数値を記録します。下図の例では２５を表示し
ています。この数値は核の幅を示すピクセル値として使用します。
９、ダイアログボックスの Approximate Min Width に micron として先の数値をタイプし
ます。ピクセル値はこの入力ボックスの右側に表示されています。下図の例では、１
２um＝２６pixel です。
１０、
手順５−８を繰り返して、最大の核で Approximate max width の値を決めてタイ
プします。留意：Region Menu の Clear Regions を選択することで画像から Single Line
region を削除することができます。
１１、
Region Tool から矢印をクリックします。
１２、
もっとも暗い核を見つけます。
１３、
ポインタをこの核に重ね、スクリーン下部に表示される gray value を記録します。
１４、
核の外側にポインタを移動し、同様にバックグランド値として gray value を記録
します。
１５、
核の値とバックグランドの差を計算します。例としてバックグランドが１３０で
あれば１６２−１３０＝３２となります。
１６、
Intensity above local background にこの値より幾分小さい値を入力します。
１７、
Configure Data Log（画像中の核ごとのデータ）をクリックして Configure Log
ダイアログボックスを開きます。それぞれの測定パラメータから数値出力するものに
チェックします（F1 キーを押すと Help が表示されます）。
チェックが完了した後に OK をクリックしてダイアログボックスを閉じます。
Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (2/6)
Configure Summary Log（画像中の平均データ）をクリックして Configure Log ダイ
アログボックスを開きます。それぞれの測定パラメータから数値出力するものにチェ
ックします。
チェックが完了した後に OK をクリックしてダイアログボックスを閉じます。
Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (3/6)
１８、
Apply をクリックするとモジュールが解析を開始し核セグメント画像が表示され
ます。区別されたひとつひとつ核が異なる色領域として表示されます。
また、Configure ダイアログボックスで指定した Data Log（核ごとのデータ）がスプ
レッドシート（Cellular Results for Count Nuclei）として表示されます。
スプレッドシート上のデータをクリックするとオリジナル核画像に重ね合わせされた
該当する領域（赤色）が黄色にハイライトします。また画像中の赤色領域をクリック
しても該当するスプレッドシート上のデータがハイライトします。
１９、
オリジナルの核画像とセグメント画像を比較して、核が適切に区分けされている
か、あるいはバックグランドが過剰に検出されているか判断します。
オリジナル画像の Show/Hide Overlay ボタンをクリックすると、重ねあわされている
解析領域（赤色）の表示/非表示が切り替わります。
(ア) すべての核が検出されていない：Intensity above local background の値を小さく
するか、Approximate min width の値を小さくして Run をクリックします。
(イ) 核の領域に過剰にバックグランド部分が含まれている：Intensity above local
Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (4/6)
background の値を大きくするか、Approximate min width の値を大きくして
Apply をクリックします。
(ウ) 核が小さく分割されている：Approximate min width を大きくして Apply をクリ
ックします。
２０、
適切な結果が得られるよう１８を繰り返します。
２１、
必要であれば Save Settings をクリックして、このセッティングをファイルとして
保存します。
２２、
Data Log の出力には、表示されたスプレッドシートの Open Log ボタンをクリッ
クします。下記のようなダイアログボックスが開きますので、DDE（おなじ PC にイ
ンストールされた Microsoft Excel に直接出力）あるいは Text（テキストファイルとし
て保存）にチェック入れます。
Log Menu から Open a summary log を選択しても同様です。
DDE を選択した場合には Excel のウィンドウ名称をタイプするダイアログボックスが
開きます。OK をクリックすると Excel が起動します。
同様に Summary Log の出力には、Log Menu から Open a summary log を選択しま
す。
Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (5/6)
出力先に DDE を選択して Excel に出力する際には、Data Log と異なるシートを指定
します。
２３、
Apply をクリックすると解析を開始し解析値を指定の出力先に書き出します。
Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (6/6)

Download Report