CSSView Manual

Chromosome Substitution Strain View
2011.11.30
Chromosome Substitution Strain View
(CSSView)
マニュアル
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Chromosome Substitution Strain View
2011.11.30
1.CSSView (Chromosome Substitution Strain View)について
CSSView は、テキスト形式の入力ファイルから、系統ブラウザの画像を作成
するツールです。
Windows と Mac OS X で動作します。
2.動作環境
CSSView は次の環境で動作します。
OS:
Windows XP, Windows Vista, Windows 7
Mac OS X 10.5, 10.6, 10.7
Mac OS X でお使いになる場合は、最新の Java のランタイムが必要です。
ソフトウェア・アップデートで最新のものへ更新してください。
3.インストールと起動方法
Windows の場合は、CSSView.zip を展開します。(お使いの環境によっては拡
張子は表示されません)
展開すると、次のような内容のフォルダが作成されます。
CSSView のアイコンをダブルクリック等で開くことで、CSSView を起動するこ
とができます。
CSSView アプリケーションを移動する場合は、module フォルダも必ず、同じ
場所へ移すようにしてください。
MacOS X の場合は、CSSView.dmg をダブルクリック等で開いてください。
Finder にマウントされ、次のようなウィンドウが開きます。
CSSView アイコンを Applications フォルダ等、適当な場所へコピーしてくだ
さい。
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Chromosome Substitution Strain View
2011.11.30
コピーしたアイコンをダブルクリック等で開くことで、CSSView を起動する
ことができます。
4.プログラムの使用方法
アプリケーションを起動すると、次のようなウィンドウ (メイン画面) が開き
ます。
4.1
データの読み込み
[Import Textˇ…]ボタンをクリックして入力ファイルを選んでください。
([File]->[Import Textˇ…])
正しいフォーマットのファイルが選択されると、次に選択したファイルの内
容を確認するためのダイアログが開きます。
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Chromosome Substitution Strain View
2011.11.30
このダイアログでは、テキストの区切り文字を選ぶことができます。
正常に表データとして読込まれていないは、[Tab/Comma] の設定を切り替え
てみてください。
正しくデータが表示されている場合は、[Next]ボタンをクリックします。
Line(系統)の選択等を行うダイアログが開きます。
左側のチェックボックスがチェックされている Line が描画対象のデータと
なります。
Line の描画順を変更することもできます。順番を変えたい Line を選択し(複
数の Line を選択する場合は、Windows は Control キーを、Mac OS X は Command
キーを押しながら選択する行をクリックします)、[Up]または、[Down]ボタン
で、順番を上下に移動することができます。
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Chromosome Substitution Strain View
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Line の選択と並び替えが完了したら [Next]ボタンをクリックします。
各遺伝子型の表示色を設定する画面に切り替わります。
1 列目には遺伝子型、2 列目には遺伝子型の説明、
3 列目が表示色となります。
遺伝子型の列には、読込んだテキストファイルで使われている、遺伝子型が
並びます。
2 列目は、遺伝子型の説明で、マウスでクリックすることで、メニューから
別の説明に変更することができます。
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Chromosome Substitution Strain View
2011.11.30
遺伝子型の説明を追加する場合は、一番したの[New Descriptionˇ…]を選びま
す。
説明を入力するダイアログが開くので、簡単な説明文を入力してください。
表示色もマウスでクリックすることで変更できます。
マウスで表示色をクリックすると、次の図のようにメニューから表示色を変
更することができます。
メニューにない表示色にする場合は、一番したの[New Colorˇ…]を選びます。
色を選択するダイアログが開くので、表示したい色を選んでください。
なお、1 つの説明に対して、1 つの表示色が割り当てられます。
このため、複数の遺伝子型に対して、同じ説明を選んでいる場合は、そのう
ちの 1 つの表示色を変更すると、他方の表示色も同時に変わります。
設定が完了したら、[Finish]ボタンをクリックします。ウィンドウに系統群
遺伝子型図または系統遺伝子型図が描画されます。ウィンドウに系統群遺伝
子型図または系統遺伝子型図が描画されます。
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Chromosome Substitution Strain View
4.2
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メイン画面の操作
Grouping by の Chromosome をチェックした場合、系統群遺伝子型図を描画
します。([View]->[Grouping by]->[Chromosome])
Grouping by の Line をチェックした場合、系統遺伝子型図を描画します。
([View]->[Grouping by]->[Line])
Bar Chart Direction の Horizontal をチェックした場合は、図の矩形を横長
方向に描画します。([View]->[Bar Chart Orientation]->[Horizontal])
Bar Chart Direction の Vertical をチェックした場合は、図の矩形をたて長
方向に描画します。([View]->[Bar Chart Orientation]->[Vertical])
4.3
表示色の変更
[Edit]メニューの[Preferencesˇ…]から描画色を変更することができます。
MacOS X の場合は、CSSView メニューの[環境設定…]になります。
[SET]をクリックすると、対象の描画色を変更することができます。
[CLEAR]ボタンをクリックをクリックすると描画なし(透明)とします。
遺伝子型の説明に対する表示色を変更する場合は、対象を
メニューから選びます。
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Chromosome Substitution Strain View
2011.11.30
[Default]ボタンをクリックすると、初期設定に戻ります。
[OK]ボタンをクリックすると、描画に設定が反映されます。
4.4
Line の再選択、並び替えおよび遺伝子型の設定
[View]->[Import Settingsˇ…]メニューから Line の再選択、並び替えおよび遺
伝子型の設定を行うことができます。
4.5
描画サイズの変更
画面上部のスライダーを左右に移動させることによって、描画サイズを 50%
から 200%の間に設定することができます。
また、[View]->[Zoom In]メニューで大きく、[View]->[Zoom Out]で小さく設
定することもできます。
[View]->[Actual Size]メニューで描画サイズを 100%に戻すことができます。
4.6
画像の保存
[Save Imageˇ…]ボタンをクリックして描画している図を画像ファイルに保存
することが出来ます。([File]->[Save Imageˇ…])
ボタンをクリックすると次のようなダイアログが表示されます。
[Browseˇ…]ボタンをクリックして保存先と保存するファイル名を指定します。
次に、保存先の下にあるポップアップメニューより、保存する画像の種類を
選択します。
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Chromosome Substitution Strain View
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PNG,PDF,SVG,EMF,EPS の 5 種類から選ぶことが出来ます。
また、[Optionsˇ…]ボタンをクリックすると、保存する画像の種類ごとに画像
データを作成するときの詳細設定を行うことが出来ます。
[Ok]ボタンをクリックすると画像を設定条件に従って保存します。
保存先に同じ名称のファイルがある場合は、上書きを確認するダイアログが
表示されます。
5.アプリケーションの終了
アプリケーションの終了はウィンドウをメニュー等から閉じてください。
6.ライセンス情報
Windows 版では、配布パッケージに Java Runtime Environment が含まれます。
Java Runtime Environment
Copyright˝© 1995, 2010, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
CSSView では画像を保存するために、FreeHEP Java Library を利用していま
す。
FreeHEP Java Library
Copyright ˝© 2000-2010 FreeHEP. All Rights Reserved.
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modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
License as published by the Free Software Foundation; either
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