ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ* ÖZGEÇMİŞ Adı Soyadı: Turgay İBRİKÇİ Öğrenim Durumu: Derece Lisans Yüksek Lisans Doktora Bölüm/Program Fizik Bölümü Bilgisayar Bilimleri Elektrik-Elektronik Müh. / Bilgisayar Anabilim Dalı Üniversite Çukurova Üniversitesi Nova (Southeastern Nova) Florida, ABD Yıl 1981 University, 1993 2000 Çukurova Üniversitesi Görevler: Görev Unvanı Doçent Doçent Yrd.Doç. Dr. Yrd.Doç. Dr. Misafir Araştırmacı Öğretim Görevlisi Arş.Gör. Yazılım Uz. Yazılım Uz. Görev Yeri Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü Bilgisayar Anabilim Dalı Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü (13B ile görevlendirme). Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü. Univ. of Texas at Houston, Computational Biomedicine Center (CBMC), Houston, TX, ABD. Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü. Ç.Ü., Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü. ELSAN A.Ş, Adana Ç. Ü., Bilgi İşlem Merkezi, Adana Yıl 2014201420052000- 2014 2000-2001 1996-2000 1993-1996 1985-1988 1982-1985 Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri: I. Tamamlanan Tezler: 1- İclal ÇETİN TAŞ (2012), "Depiction of Hemorrhagic Regions Caused By Diabetic Retinopathy Images by Using Image Enhancement and Basic Classification Methods", ikinci danışmanı Yrd. Doç. Dr. Sami Arıca (Çukurova Univ), Ve Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2011YL2) projesi ile desteklenmiştir. 1 2- Esra KARABULUT (2012), “A Research on Performance of Decision Support Systems in Diagnosis of Coronary Artery Disease”, Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2011YL19) projesi ile desteklenmiştir. 3- Mehmet Onur ŞAHLAR (2011), "Library Based Image Reconstruction on X-Ray Films for External Fixator Automation", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2009YL58) ve TÜBİTAK (106M0466) projeleri tarafından desteklenmiştir. 4- Gökhan ÇETİN (2010), "Artificial Neural Networks by Using the Internet Traffics on the Internet Exit Routers (MRTG) Estimated Traffic Analysis and Planning for Future", (Öğrenci aftından yararlanarak gelen öğrenci). 5- Okan ŞEN (2010), "Segmentation and Classification of Magnetic Resonance Images by Neural Networks", (Öğrenci aftından yararlanarak gelen öğrenci). 6- Jale BEKTAŞ (2010), "Segmentation of Brain Region of MRIs and Comparisons between Autistic and Healthy Adolescent". 7- Ahmet AYDIN (2009), "Applications of Medical Image Processing Techniques on a Biomechanics System", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2008YL20) ve TÜBİTAK (106M0466) projeleri tarafından desteklenmiştir. 8- Emine GEZMEZ (2007), "Clustering MRI Images with Principal Component Analysis Methods". 9- Şehy Şamil ASLAN (2006), "Computer Controlled Robot Car". 10- Gülçin YİĞİTLER (2005), “New Techniques for Classification, Enhancement, and Fusion of Multispectral Remote Sensing Images”, ikinci danışmanı Prof. Dr. Okan ERSOY (Purdue Univ., ABD). 11- İrem ERSÖZ (2003), “Secondary Structure Prediction of Hemoglobin by Using Combined Neural Networks”, Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (FBE2002YL328) ve TÜBİTAK-(EEEAG-100E037) (yürütücü: Yrd. Doç. Dr. Turgay İbrikçi) projeleri tarafından desteklenmiştir. Yönetilen Doktora Tezleri/Sanatta Yeterlik Çalışmaları: I. Tamamlanan Tezler: 1- Mustafa KARABULUT (2011), "Employing Data Mining Techniques on Biological Sequences for Transcript for Transcription Factor Binding Identification". Görev Yeri: Öğr. Gör. Dr., Gaziantep Üniversitesi, Meslek Yüksekokulu Bilgisayar Programcılığı Bölümü 2- İrem ERSÖZ KAYA (2008), "Computational Prediction of Disordered Regions in Proteins", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2006D12) ve TÜBİTAK 2 (TBAG 104T505) (yürütücü: Yrd. Doç. Dr. Turgay İBRİKÇİ) projeleri tarafından desteklenmiştir. İkinci danışman: Prof. Dr. Okan ERSOY (Purdue Univ. ABD). Görev Yeri: Yrd. Doç. Dr.,Mersin Üniversitesi, Tarsus Teknik Eğitim Fakültesi, Bilgisayar Sistemleri Bölümü 3- Ayça ÇAKMAK PEHLİVANLI (2008), "Consensual Classification of Drug / NonDrug Compounds for Drug Design", Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu (MMF-2006D11) ve TÜBİTAK (TBAG 104T505) (yürütücü: Yrd. Doç. Dr. Turgay İBRİKÇİ) projeleri tarafından desteklenmiştir. İkinci danışman: Prof. Dr. Okan ERSOY (Purdue Univ. ABD). Görev Yeri: Yrd. Doç. Dr, Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi - İstatistik Bölümü II. Devam Etmekte Olan Tezler: 1- Jale BEKTAŞ (2013- ), “Use of Data Mining Techniques to Determine Presence of Coronary Artery Disease and Deriving a Risk Score by Employing Risk Factors". 3 Projelerde Yaptığı Görevler: A. TÜBİTAK Tarafından Desteklenen Projeler: PROJE ADI BÜTÇE PROJE TÜRÜ Araştırma – 1001 Araştırma – 1001 Araştırma - 1001 ARDEB NO 112M406 Yürütücü Araştırma - 1001 104T505 Yürütücü Araştırma -1001 100E037 TARİH GÖREV 01.12.2012/3 0.11.2015 15.02.2007/ 14.08.2010 01.09.2006/ 30.09.2008 Araştırmacı 38.760 01.06.2005/ 30.09. 2007 2.1760 01.04.2001/ 01.02. 2003 Yeni Fiksatör Otomasyonu 281.000 Fiksatör Otomasyonu 200.000 Ön Yüklü Helisel Başı Yaylarının Lineer Statik, Burkulma ve Serbest Titreşim Problemleri için Bir Paket Programın Hazırlanması ve Tasarım Grafiklerinin Elde Edilmesi İşlemsel ve İstatistiksel Akıllı Yöntemlerin Düzenli ve Düzensiz Yapılı Proteinlerin İşlevlerinin Tanımlanması ve Onarıcı İlaç Tasarımına Uygulanması Destek Vektorleri Yöntemi Kullanılarak Proteinlerin ikincil Yapılarının Tanımlanması 103.130 Araştırmacı Araştırmacı 106M466 106M307 B. Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu Tarafından Desteklenen Projeler: PROJE ADI Amiloid Proteinler Arasındaki Yapısal İlişkilerin Biyoinformatik Yönünden İncelenmesi Smartphone Based Pigmented Skin Lesion Checking and Melanoma Diagnosis System A Research on Performance of Decision Support Systems in Diagnosis of Coronary Artery Disease Detection of Diabetic Retinopathy Complication by Using Computational Learning Methods on Images Otistik ve Normal MR Görüntüleri Arasındaki Farkların Kümeleme ve Sınıflandırma Metotları Kullanarak Belirlenmesi Harici Fiksatör Otomasyonu için Röntgen Filmleri Üzerinde Kütüphane Tabanlı Görüntü Tanımlama X-Ray Görüntülerinde Resim Tamamlama ve Sınır Bulma Functional Classification of Disordered and Multi-Labeled Proteins BÜTÇE TARİH GÖREV 10,000 06.11.2013/ 05.11.2015 Yürütücü 5,940 01.09.2012/ 30.01.2014 Yürütücü DoktoraİADE MMF-2012 D15 1,000 01.12.2011/ 30.11.2012 Yürütücü Yüksek Lisans MMF-2011 YL19 1.980 01.03.2011/ 28.02.2012 Yürütücü Yüksek Lisans MMF-2011 YL2 8.000 07.04.2009/ 06.07.2011 Yürütücü BAP MMF-2009 BAP02 2.000 01.10.2009/ 30.09.2010 Yürütücü Yüksek Lisans MMF-2009 YL58 2.000 01.10.2008/ 30.10.2009 07.04.2006/ 06.04.2007 Yürütücü Yüksek Lisans Doktora MMF-2008 YL20 MMF-2006 D12 3.960 4 Yürütücü PROJE TÜRÜ BAP PROJE NO MMF-2013 BAP19 Drug Design By Artificial Neural Networks as Data Mining Tools Destek Vektör Motorlarının Çekirdek Fonksiyonlar Aracılığı ile Protein Yapılarını Bulmak için Gerekli Parametrelerin Optimize Edilmesi Neural Networks With Information Theory on Secondary Structures of Protein Destek Vektörleri Yapay Sinir Ağlarının Protein Yapılarına Uygulanması 3.960 07.04.2006/ 06.04.2007 01.01.2005/ 31.12.2005 Yürütücü Doktora Yürütücü BAP 1.040 01.09.2002/ 30.08.2003 Yürütücü Yüksek Lisans 1.000 01.03.2000/ 28.02.2001 Yürütücü BAP 3.500 MMF-2006 D11 MMF-2004 BAP21 FBE-2002 YL328 MMF-2000/41 İdari Görevler: 1. Çukurova Üniversitesi, Uzay Bilimleri ve Güneş Enerjisi Araştırma Uygulama Merkezi (UZAYMER), Merkez Yönetim Kurulu Üyeliği (2011 - ). 2. Çukurova Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fak., Makine Alet Cihaz Tasarım İmalat Araştırma ve Uygulama Merkezi (MACTİMARUM) Merkez Kurulu Üyesi (2007 - ). 3. Çukurova Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü, Doktora Yeterlilik Kurul Üyesi (2007- 2010). 4. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Bilgisayar Bilimleri Anabilim Dalı Başkan Vekili (2005 - 2008). 5. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Yazılım Anabilim Dalı Başkanı ( 2005 – 2008). 6. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, 13.b ile Görevlendirilme (2005- ) 7. Çukurova Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Kurucu Üyesi (2003 - 2004). 8. Çukurova Üniversitesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü, Elektromagnetik Alanlar Anabilim Dalı Başkan Vekili (2004 - 2007). 9. Çukurova Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Bilgisayar, Elektronik Cihaz, Elektrikli Cihaz Teknik Alım Satım Komisyonu Üyesi (2003- 2005). 10. Çukurova Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü, Bilgisayar Bilimleri Anabilim Dalı Başkanı (2001-2004). 11. Çukurova Üniversitesi, Üniversite-Sanayi Araştırma Merkezi (ÜSAM-TÜBİTAK) Yazılım Grubu Üyesi (2000 - 2002). 12. Çukurova Üniversitesi Rektörlüğü, Bilgisayar Bilimleri Uygulama ve Araştırma Merkezi, Proje Yöneticisi, (1982 - 1985). Bilimsel Kuruluşlara Üyelikler: ÜYELİK DÖNEMİ ÜYELİK TÜRÜ KURULUŞ 2000 - 2009 Üye IEEE, ABD 2000 - 2005 Üye IEEE-EMBS, Biomedikal Kulubü 1996 - 2003 Üye IEEE- Bilgisayar Kulubü 1996 - 2000 Ç.Ü. Öğrenci Kolu Başkanı IEEE, ABD 1995 - 1999 Öğrenci Üye IEEE, ABD 5 Ödül ve Destekler: Erasmus Öğretim Elemanı Değişimi (2014), “University of Avero, Portekiz”, Ç.Ü Rektörlüğü Dışilişkiler Bölümü, (Kabul edildi.) (Tam destek). International Center for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB) (2013), “Applications of Bioinformatics in Modern Moleculer Biology”, ICGEB – New Delhi Component Aruna Asaf Ali Marg, New Delhi – 110067 Hindistan, 21-25 Ekim 2013, (Tam destek). TÜBİTAK (2012), Bilimsel Yayın Destekleme (2 Adet Yayından Dolayı). TÜBİTAK (2011), Bilimsel Yayın Destekleme (2 Adet Yayından Dolayı). Yüksek Öğrenim Kurulu –YÖK (2011), Yurtdışı Öğretim Üyesi Yetiştirme Programı, The Center for Tropical & Emerging Global Diseases & Department of Genetics, University of Georgia, 20 Haziran – 16 Eylül 2011 (Tam destek) TÜBİTAK ( 2010 ), Bilimsel Yayın Destekleme. International Center for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB) ve United Nations University (BIOLAC) (2010), “Caribbean Training Programme on Bioinformatics: Applications of Structural and Computational Biology in Biomedical Sciences”, The University of the West Indies, St. Augustine Campus, Trinidad and Tobago, 18-29 Ocak 2010, (Tam destek). Konferans Katılım Desteği (2009), “IPCV2009- The 2009 International Conference on Image Processing, Computer Vision, and Pattern Recognition” Konferansa Katılım, Las Vegas, Nevada, USA, 13-16 Temmuz 2009, Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu, (2000.- TL ) Konferans Katılım Desteği (2009), “III. Ulusal Tıbbi Cihazlar İmalat Sanayi Kongre ve Sergisi (TİSKON 2009)” sine Katılım, Samsun, 06-07 Kasım 2009, TÜBİTAK-106M466 nolu projesi, (Tam destek). Konferans Katılım Desteği (2007), “ANNIE2007- SMART SYSTEMS ENGINEERING: Computational Intelligence in Architecting Complex Engineering Systems” Konferansa Katılım, St. Louis, Missouri, USA, 11-14 Kasım 2007, Çukurova Üniversitesi Araştırma Fonu, ( 2000.- TL ). European Science Foundation (2007), “ESF Mining of High-Throughput Data in Functional Genomics”, Coleraine, Northern Ireland, 8-10 Mayıs 2007, European Science Foundation fonundan, (Kısmi destek). Erasmus Öğretim Elemanı Değişimi (2007), “University of Avero, Portekiz”, 14-18 Temmuz 2007, Ç.Ü Rektörlüğü Dışilişkiler Bölümü, (Tam destek). IEEE-Student Branch-R8 (2000) “IEEE-R8 Student Branch Congress 2000”, Eindhoven, Hollanda, 14-19 Mayıs 2000, IEEE – Türkiye, (Tam destek). 6 NATO Advanced Study Institute (1996), “Learning in Graphical Models”, International School of Neural Nets, Ettore Maiorana Centre, Erice, İtalya, 26 Eylül - 7 Ekim 1996, NATO, (Tam destek). Uluslararası Ortak Çalışmalar : Temmuz-Ağustos 2012 Genetik çalışmalar üzerine incelemeklerde bulunmak (Kişisel Ziyaret) Haziran-Eylül 2011 Sıtma Genetiği Üzerine Çalışmalar Cornell University, Ithaca, NY, USA Prof. Dr. Jessica Kissinger Department of Genetics, Institute of Bioinformatics, Univ. of Georgia, Athens, GA, USA. Haziran-Eylül 2004 Biomedikalde Otistik Çocukların Assoc. Prof. Dr. M. Brandt Beyin Görüntüleri Üzerine Univ. of Texas at Houston, Doktora Sonrası Çalışmalar Computational Biomedicine Center ( CBMC ). Houston, TX, USA. Haziran 2001 – Eylül 2002 Biomedikalde Otistik Çocukların Assoc. Prof. Dr. M. Brandt Beyin Görüntüleri Üzerine Univ. of Texas at Houston, Doktora Sonrası Çalışmalar Computational Biomedicine Center (CBMC). Houston, TX, USA. Haziran-Eylül 1999 Yapay Sinir Ağları ile Protein Yapıları Tanımı Uygulamaları Çalışmaları Haziran-Eylül 1997 Yapay Sinir Ağları ile Protein Yapıları Tanımı Uygulamaları Çalışmaları Prof. Dr. J. Principe Univ. of Florida, Computational NeuroEngineering Lab (CNEL). Gainesville, FL, USA. Prof. Dr. Daniel Berleant Univ. of Arkansas, Computer Engineering Dept. Fayetteville,AR, USA Ulusal Ortak Çalışmalar : Eylül 1995-Mayıs 1996 Doktora Ön Çalışmaları 7 Boğaziçi Üniversitesi, Mühendislik Fak. Bilgisayar Mühendisliği, İstanbul, Türkiye Bilimsel Dergilerdeki ve Projelerdeki Hakemlikler 1. Misafir Editor- OMICS Publishing Group - Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics Open Access, Özel sayı, Başlık: Algorithms for Molecular Biology, ( Dec. 2013 ) 2. Applied Soft Computing (2013- ) 3. PLOS ONE (2013- ) 4. BMC Medical Informations and Decision Making (2012 - ) 5. Journal of Medical Systems (2012- ) 6. TÜBİTAK – Turkish Journal of Electrical Engineering & Computer Sciences ( Konu Editörlüğü - Hakemlik) ( 2010 - ) 7. Expert Systems (2009 - ) 8. Türkiye Biyokimya Dergisi ( 2008 - ) 9. Bioinformatics ( 2008 – 2011 ) 10. Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı – TeknoGirişim Projeleri – ( 2014 ) 11. TÜBİTAK-4006 Bilim Fuarları Destekleme Programı TÜBİTAK’ı temsilen (2014) 12. TÜBİTAK- Ortaöğretim Öğrencileri Araştırma Projeleri Yarışması (2014) - Akdeniz Bölgesi Bilgisayar Jüri Üyesi 13. TÜBİTAK – 1001 Araştırma Projeleri - ( 2013 ) 14. TÜBİTAK- Biyomühendislik Değerlendirmesi (2013) - Dış Danışmanı 15. TÜBİTAK- Ortaöğretim Öğrencileri Araştırma Projeleri Yarışması (2013) - Akdeniz Bölgesi Bilgisayar Jüri Üyesi 16. TÜBİTAK – 1001 Araştırma Projeleri - ( 2011 ) 17. Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı – TeknoGirişim Projeleri – ( 2012 ) 18. IC-IC 2008 International Conference on Intelligent Computing Sept. 15-18, 2008 19. IC-IC 2007 International Conference on Intelligent Computing Aug. 21-24, 2007 20. IC-IC 2006 International Conference on Intelligent Computing Aug. 16-19, 2006 Sempozyum Görevleri 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SIU-2014 23-25 Nisan 2014 tarihleri arasında K.T.Ü, Trabzon, Hakem ELECO-2013 29 Kasım - 01 Aralık 2012, Bursa, Hakem ELECO-2012 29 Kasım - 01 Aralık 2012, Bursa, Hakem ITUSEM’2009 Çukurova Üniversitesi, Yürütme Kurul Üyesi ITUSEM’2007 Çukurova Üniversitesi 18-19 Ekim 2007, Yürütme Kurul Üyesi ITUSEM’2005 Çukurova Üniversitesi, 17-19 Kasım 2005,Yürütme Kurul Üyesi INISTA’2005 International Symposium on Innovations in Intelligent Systems and Applications 15-18 Haziran 2005 Istanbul Bilimsel Kurul Üyesi 8. BIYOMUT’2005 Biyomedikal Mühendisliği Ulusal Toplantısı – Boğaziçi Üniversitesi 25-27 Mayıs 2005, Program Üyesi 9. TAINN’96 5. Türk Yapay Zekâ ve Yapay Sinir Ağları Sempozyumu – Boğaziçi Üniversitesi İstanbul, Yerel Düzenleme Kurulu Üyesi 8 Verdiği lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler 1. EEE-117 Computer Programming I 2. INF-101 Fundamentals of Infor. Tech. 3. EEE-425 Programming Language 4. ENF-102 Bilgisayar Programlamaya Giriş 5. EEE-448 Computer Networks 6. BIL-438 Hesaplamalı Biyoloji 7. BIL-429 İnsan-Bilgisayar Etkileşimi 8. BIL-252 İşletim Sistemi 9. BIL-304 Yazılım Mühendisliği 10. EE-587 Artificial Intelligent 11. EE-589 Intr. to Neural Networks 12. EE 588 Advanced Topics in Neural Networks “EE” ile başlayan dersler, yüksek lisans ve doktora dersleridir. “EEE” ile başlayan dersler, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümüne verilen derslerdir. “BIL” ile başlayan dersler, Bilgisayar Mühendisliği Bölümüne verilen derslerdir. 9 ESERLER A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler : 1. I. Ersöz Kaya, A. Çakmak Pehlivanli, and T. Ibrikci, (2014),”Enhanced Prediction of Intrinsically Disordered Regions with the Optimized Data”, Int. Jour. of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 4(1): 39-44 , DOI: 10.7763/IJBBB.2014.V4.307 2. M. Karabulut, T. Ibrikci, (2014), “Identification of transcription factor binding sites using Gaussian mixture models”, Expert Systems, (ISI), 31(1) 70-80. DOI: 10.1111/exsy.12004 3. M. Karabulut, T. Ibrikci, (2012), “A Bayesian Scoring Scheme based Particle Swarm Optimization algorithm to identify Transcription Factor Binding Sites”, Applied Soft Computing, 12(9): 2846-2855. (ISI), DOI: 10.1016/j.asoc.2012.04.006 4. M. Karabulut, T. Ibrikci, (2012), “A Fuzzy Self-organizing Map Algorithm for Biology Pattern Recognition”, Expert Systems, 29(1) 25– 38. (ISI), DOI: 10.1111/j.4680394.2010.00560.x 5. T. Ibrikci, D. Üstün, İ. Ersoz Kaya, (2012), “Diagnosis of Several Diseases by Using a Novel Hybrid Kernel Support Vector Machine”, Journal of Medical Systems, 36(3) : 18311840. (ISI), DOI: 10.1007/s10916-010-9642-5 6. A. Aydın, T. Ibrikci, İ.D. Akçalı, (2012), “A Hybrid Image Processing System for X-Ray Images of an Eexternal Fixator”, Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering, 15(7) : 753-759. (ISI), DOI: 10.1080/10255842.2011.560840 7. E. M. Karabulut, T. Ibrikçi, (2012) “Effective Diagnosis of Coronary Artery Disease Using rotation Forest Ensemble Method”, Journal of Medical Systems, 36(5): 3011–3018. (ISI), DOI: 10.1007/s10916-011-9778-y 8. 9. E. M. Karabulut, S.A. Özel, T. Ibrikci, (2011), “A Comparative Study on the Effect of Feature Selection on Classification Accuracy”, Procedia Technology 1 (2012), 323 – 327. DOI: 10.1016/j.protcy.2012.02.068 İ. Ersöz Kaya, T. Ibrikci, O. K Ersoy, (2011), “Prediction of Disorder with New Computational Tool: BVDEA”, Expert Systems with Applications. 38(12): 14451-14459. (ISI), DOI: 10.1016/j.eswa.2011.04.160 10. M. Karabulut, T. Ibrikci, (2011), “Assessment of Clustering Algorithms for Unsupervised Transcription Factor Binding Site Discovery”, Expert Systems with Applications, 38(9) : 11160-11166. (ISI), DOI: 10.1016/j.eswa.2011.02.161 11. A. Keskiner, T. Ibrikci, M. Çetin (2011), Yapay Sinir Ağlarıyla Coğrafi Bilgi Sistemi Ortamında Olasılıklı Sıcaklık Tahmini ve Karşılaştırılması, Tarım Bilimleri Dergisi, 17 : 241- 252 (Türkçe). (ISI). 12. C. Türeli Bilen, P.Kokcü, T. Ibrikci (2011) Application of Artificial Neural Networks (ANNs) for Weight Predictions of Blue Crabs (Callinectes sapidus RATHBUN, 1896) Using Predictor Variables, Mediterranean Marine Science, 12(2) : 439-446. (ISI). 10 13. T. Ibrikci, M. Karabulut, (2010), “Employing Fuzzy C-Means for DNA Transcription Factor Binding Site Identification”, Journal of Circuits, Systems, and Computers, 19(1): 15-30. (ISI), DOI: 10.1142/S0218126610005925 14. T. Ibrikci, S. Sacma, V. Yıldırım, T. Koca, (2010), “Application of Artificial Neural Networks in the Prediction of Critical Buckling Loads of Helical Compression Springs”, Journal of Mechanical Engineering, 56 (6): 409-417. (ISI). 15. I. Kaya, T. Ibrikci, A. Cakmak, (2008), “Accurate Prediction of Protein Secondary Structure by Non-Parametric Models”. Journal of Computational Intelligence in Bioinformatics, 1: 1-11. 16. A. Ç. Pehlivanlı, T. Ibrikci, O. K Ersoy, (2008), “Consensual Classification of Drug and Nondrug Compounds”, International Jour. of Computational Biology and Drug Design, 1 (3): 224-234. DOI: 10.1504/IJCBDD.2008.021416 17. A. Ç Pehlivanlı, O. K Ersoy, T. Ibrikci, (2008), “Drug/Nondrug Classification with Consensual Self-Organising Map and Self-Organizing Global Ranking Algorithms”, International Jounal of Computational Biology and Drug Design, 1(4): 434-445. DOI: 10.1504/IJCBDD.2008.022212 18. M. Karabulut, T. Ibrikci, (2008), “Fuzzy C-Means Based Motif Discovery”, Lecture Notes in Computer Science, 5226: 207-218. DOI: 10.1007/978-3-540-87442-3_24 19. U. Orhan, M. Hekim, T. Ibrikci, (2008), “Supervised Gravitational Clustering with Bipolar Fuzzification”, Lecture Notes in Artificial Intelligence, 5227: 667-674. DOI: 10.1007/978-3-540-85984-0_8 20. U. Orhan, M. Hekim, T. Ibrikci, (2008), “Gravitational Fuzzy Clustering”, Lecture Notes in Artificial Intelligence, 5317: 524-531. DOI: 10.1007/978-3-540-88636-5_50 B. Uluslararası bilimsel toplantılarda (Proceedings) basılan bildiriler : sunulan ve bildiri kitabında 1. İ. D. Akçalı, M. O. Şahlar, K. Ün, A. Aydın, T. Ibrikci, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram, H., (2009), “A Mathematical Model in the Implementation of a Stewart-Gough Platform as an External Fixator”, Medical Physics and Biomedical Engineering World Congress, IFMBE Proceeding 25/V :708-711, 7-12 Sept. 2009, Munih, Almanya. 2. İ. D. Akçalı, M. O. Şahlar, A. Aydın, T. Ibrikci, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram, (2009), “Alignment of Bone Fragments Through the Deployment of a Stewart Platform Mechanism”, Artificial Organs, 33(8) : A99 (Özetçe). 3. J. Bektas, T. Ibrikci, (2009), “Using Threshold Techniques with K-Means Approch for MRI Segmentation”, The 2009 International Conf. on Image Processing, Computer Vision, and Pattern Recognition (IPCV'09), 2: 651-655, 13-16 July 2009, Las Vegas, Nevada, ABD. 11 4. U. Orhan, I. Ersoz, T. Ibrikci, (2007), “Prediction of Disordered Regions of Proteins with N-Pieces Naive Algorithm”, Intelligent Engineering Systems Through Artificial Neural Networks: Smart System Engineering (ANNIE'07), 17: 43-48, 11-14 Nov. 2007, St. Louis, Missouri, ABD. 5. G. Yiğitler, O. K. Ersoy, T. Ibrikci, (2005), “New Transform Techniques for Enhancement and Fusion of Multispectral and Hyperspectral Images”, ICSC Congress on Computational Intelligence Methods and Applications (CIMA2005), 15-17 Dec. 2005, İstanbul, Türkiye. DOI: 10.1109/CIMA.2005.1662344 6. T. Ibrikci, A. Cakmak, I. Ersoz, O. K. Ersoy, (2005), “Hemoglobin Secondary Structure Predicts with Four Kernels on Support Vector Machines”, ICSC Congress on Computational Intelligence Methods and Applications (CIMA2005), 15-17 Dec. 2005, İstanbul, Türkiye. DOI: 10.1109/CIMA.2005.1662310 7. T. Ibrikci, A. Çakmak, I. Ersöz, O. K. Ersoy, 2005, “Support Vector Machines on Hemoglobin Secondary Structures”, 3rd European Medical & Biological Engineering Conference (EMBEC'05), 11(1), 20-25 Nov. 2005, Prag, Çek Cumhuriyeti. 8. C. Şahin, T. Ibrikci, R. Erol, (2005), “Neural Networks Approach to the Lot Sizing Problem”, 35th International Conference on Computers and Industrial Engineering (CIE2005), 15-19 June 2005, İstanbul, Türkiye. 9. I. Ersoz, T. Ibrikci, A. Cakmak, O. K. Ersoy, (2004), “Secondary Structure Prediction of Hemoglobin by Neural Networks”, Intelligent Engineering Systems Through Artificial Neural Networks: Smart System Engineering (ANNIE'04), 14: 837-842, 7-10 Nov. 2004, St. Louis, Missouri, ABD. 10. M. Brandt, J. Frederick, T. Ibrikci, L. Kramer, K. Davidson, and J. Fletcher, (2003), “Estimation of Brain Tissue Volumes from Magnetic Resonance Scans in Spina Bifida”, Thirty-First Annual International Neuropsychological Society Conference, Journal of the International Neuropsychological Society, 9, 176, 5-8 Feb. 2003, Honolulu, Hawaii. 11. T. Ibrikci, M. Brandt, G.Wang, M. Açıkkar, (2002), “Mahalanobis Distance with Radial Basis Function Network on Protein Secondary Structures”, 24rd International IEEEEngineering in Medicine and Biology (EMBS2002), 3: 2184-2185, 23-26 Oct. 2002, Houston, TX, ABD. 12. V. Krishnamurthi, T. Ibrikci, S. Arıca, (1995), “Signal of Processing and Modeling of the Response of Crayfish Photosensitive Ganglion”, International 14th IEEE-Engineering in Medicine and Biology (EMBS1995), 2: 74-75, 15-18 Feb. 1995, New Delhi, Hindistan. 13. T. Ibrikci, V. Krishnamurthi, (1995), “Application of Neural Network For Home Security System”, the Second International Conference on Artificial Neural Networks and Genetic Algorithms (ICANNGA'95), sf: 448-451, 19-21 April 1995, Alès, Fransa. 12 D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler : 1. J. Bektaş, T. İbrikçi, (2013), “An MRI Study on Volumetric Changes in the Brain of Female Adolescents with Autism” , Ç.Ü. Journal of Faculty of Engineering and Architecture, 28 (2): 27-34. 2. T. İbrikçi, O.Şen (2012), “Comparison of Nonlinear Classication on Brain MRI’s” , Ç.Ü. Journal of Science and Engineering, 28 (3): 128-137. 3. İ.D. Akçalı, M.O. Şahlar, A. Aydın, T. Ibrikci, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram, (2010), “Ortopedik Klinik Uygulamaları için Bir Fiksatörün Tasarımı İmalatı ve Kullanışı”, Mühendislik ve Makina, 51 (600): 2-9. 4. G. Çetin, T. Ibrikci, (2010), “Internet Traffic Forecasting and Analizing of Turkey by Using Neural Networks”, Ç.Ü. Journal of Science and Engineering, 23(3): 187-198. 5. I. Kaya, Ersöz, T. Ibrikci, O. K Ersoy, (2008), “Prediction of Protein Disorder Regions with Support Vector Machines”, Ç.Ü. Journal of Faculty of Engineering and Architecture, 23 (2): 257-267. 6. U. Eşme, I. Kaya, Ersöz, F. Kahraman, A. Sağbaş, T. Ibrikci, (2008), “Comprative Modelling in Low Plasticity Burning (LPB) Process Using Back-Propagation (BPN) and General-Regression Networks (GRNN)”, Ç.Ü. Journal of Faculty of Engineering and Architecture, 23 (2): 1-13. E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan bildiriler: 1. İ. Çetin Taş, T. İbrikçi, S. Arıca, (2012), “Fundus Floresan Anjiografi Görüntülerinde Diyabetik Retinopati Nedeniyle Oluşan Kanamaların Kümeleme, Sınıflama ve İyileştirme Yöntemlerini Kullanarak Belirginleştirilmesi”, ELECO 2012, 29 Kasım-01 Aralık 2012, Bursa, Türkiye. 2. E. Karabulut, T. İbrikçi, (2010), “Birleştirilmiş Yapay Sinir Ağlarıyla Parkinson Hastalığı Teşhisi”, ELECO 2010, 2-5 Aralık 2010, Bursa, Türkiye. 3. İ.D. Akçalı, M.O. Şahlar, A. Aydın, T. İbrikçi, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram, (2009), “Ortopedik Klinik Uygulamalar İçin Bir Fiksatörün Tasarımı İmalatı ve Kullanılışı”, III. Ulusal Tıbbi Cihazlar İmalatı Sanayi Kongre ve Sergisi (TİSKON 2009), 33-43, 6-7 Kasım 2009, Samsun, Türkiye. 4. P. Kökçü, C. Türeli, T. İbrikçi, “Sepia officinalis (L.)’nin Bazı Morfolojik Özelliklerinin Hesaplanmasında Yeni Bir Yaklaşım: Yapay Sinir Ağlarının Kullanılması”, XV. Ulusal Su Ürünleri Sempozyumu, 01-04 Temmuz 2009, Rize 5. İ.D. Akçalı, M.O. Şahlar, A. Aydın, T. İbrikçi, K. Ün, R. Esen, M. Gülşen, H. Bayram, (2009), “Stewart Platform Mekanizmasının Konuşlandırılmasıyla Kemik Fragmanlarının Hızlanması”, 2.Ulusal Yapay Organlar ve Destek Sistemleri Kongresi, 16, 23-26 Nisan 2009, Antalya, Türkiye. 13 6. T. İbrikçi, A. Çakmak, İ. Ersöz, M. Açıkkar, (2004), “Destek Vektörlerinin Proteinlerin İkincil Yapılarını Tahmin etmek için Uygulanması”, X. Biyomedikal Mühendisliği Ulusal Toplantısı (BİYOMUT 2004), 114-118, 25-27 Mayıs 2004, İstanbul, Türkiye. 7. T. İbrikçi, A. Çakmak, İ. Ersöz, (2003), “Protein İkincil Yapıların Kendi Kendine Organize Olma Metodu ile Tahmin Edilmesi”, IX. Biyomedikal Mühendisliği Ulusal Toplantısı (BİYOMUT 2003), 29-30 Mayıs, 2003, İstanbul, Türkiye. 8. N. Özdemir, T. İbrikçi, V. Tunay, N. Köroğlu, (2002), “El Yazı Rakamların Hatayı Hızla Geriye Yayma Metodu Kullanılarak Tanınması”, Dr. Arslan Yazıcı Sempozyumu, 37-39, 27-29 Kasım 2002, Adana, Türkiye. 9. T. İbrikçi, M. Güler, (2000), “Multilayer Networks Applied to Protein Secondary Structure Prediction”, Türk Yapay Zekâ ve Sinir Ağları Sempozyumu (TAINN 2000), 199208, 21-23 Haziran, 2000, İzmir, Türkiye. T. İbrikçi, K. Balasubramanian, Z.G. Altun, (1994), “Learning Time in Neural Network”, Ç.Ü Müh-Mim. Fak. 15 Yıl Sempozyumu, Çukurova Üniv. Müh-Mim. Fak. Dergisi Özel Sayısı, 1: 439 - 444, 4-7 Nisan 1994, Adana, Türkiye. 10. F. Diğer yayınlar : 1. İ. D. Akçalı, R.Esen, T. İbrikçi, M.K. Ün, (2010), “Fixatör Otomasyonu”, TÜBİTAK Final Raporu, Proje No: 106M466. 2. V. Yıldırım, T. İbrikçi, N. Tütüncü, (2008), “Ön Yüklü Helisel Başı Yaylarının Lineer Statik, Burkulma ve Serbest Titreşim Problemleri için Bir Paket Programın Hazırlanması ve Tasarım Grafiklerinin Elde Edilmesi”, TÜBİTAK Final Raporu, Proje No: 106M307. 3. T. İbrikçi, (2007), “İşlemsel ve İstatistiksel Akıllı Yöntemlerin Düzenli ve Düzensiz Yapılı Proteinlerin İşlevlerinin Tanımlanması ve Onarıcı İlaç Tasarımına Uygulanması”, TÜBİTAK Final Raporu, Proje No: 104T505. 4. T. İbrikçi, (2003), “Destek Vektörleri Yöntemi Kullanarak Proteinlerin İkincil Yapılarının Tanımlanması”, TÜBİTAK Final Raporu, Proje No: 100E037. *24-03-2014 tarihinde güncellenmiştir. 14