Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Peptid bağ kurulması Proteinlerde sentez sonrası değişimler Peptid çeşitleri Konjuge proteinler Pep,d bağı (amid bağı) Peptit bağı, bir amino asitin karbonil karbonunu diğer amino asitin α-‐amino azotuna bağlar. 1 mol su açığa çıkar (dehidrasyon sentez reaksiyonu=kondenzasyon reaksiyonu) Peptid bağı etrafında çok az döner veya kıvrılır. Amino asitler pep,d bağlarını oluşturabilir Tüm proteinlerde COOH ve NH3+ grupları peptid bağı ile bağlanmış olduğundan H bağı kurulması dışında kimyasal reaksiyonlara katılamazlar. Peptid bağı kovalent yapıda, güçlü ve düzlemseldir. Bu sebeple, polipeptid zincir α-‐C’ın yaptığı diğer bağlar etrafında dönebilir, kıvrılabilir. N-‐terminal uç, C-‐terminal uç Dipep,d (2 amino asit), Tripep,d (3 aa) Oligopep,d (15-‐20 aa), Polipep,d=protein (bir çok aa) Glutatyon (GSH) Polipeptid=protein Amino asit dizgesi (sekans) primer yapıyı belirler Bir polipeptid zincirdeki tüm amino asitlerin sayısı ve sırası onun primer yapısını belirler. Peptitde yer alan amino asitler aminoaçil artığı olarak adlandırılır ve amino asitteki –in eki yerine –il getirilerek isimlendirilir (örnek, alanil, aspartil, tirozil). Lys-‐Leu-‐Tyr-‐Gln è lizil-‐lösil-‐tirozil-‐glutamin olarak adlandırılır Glutamindeki -‐in son eki karboksil grubunun peptid bağ oluşumuna katılmadığını gösterir. Tek ve üç-‐harfli kısaltmalar Tek-‐harf sembolle gösterimde kısaltmalar arasında çizgi kullanılmaz. Üç-‐harf kısaltmasında amino asitler çizgi ile birleştirilir, bu primer yapıyı gösterir. A T G A F L A F S I G Proteinler Proteinlerde 3D yapı Yeni sentezlenen polipeptidler, yapısal ya da fonksiyonel özellik kazanmadan önce mutlaka üç boyutlu yapılarına (konformasyon) katlanmaları gerekir. Sentez sonrası değişim Proteinlerin sentezi sonrası olgunlaşma sürecinde post-‐ translasyonal değişimler (post-‐translational modifications) peptide yeni kimyasal gruplar kazandırabilir veya ihtiyaca göre kısa peptid parçacıkları kaybettirebilir. Post-‐translasyonal modifikasyonlar ile ilişkili bazı hastalıklar: Kanser Obezite Kardiyovasküler hastalıklar (CVD) Katlanma hataları Proteinlerin olgunlaşmasını (matürasyon) bozacak genetik veya beslenmeye bağlı yetmezlikler sağlığa öneli zararlar verebilir. Örnek: Creutzfeldt–Jakob hastalığı, Skrapi, Bovine spongiform encephalopathy (BSE, deli dana hastalığı). Alzheimer hastalığı Skorbüt hastalığı Konformasyon vs. konfigürasyon Konformasyon ve konfigürasyon sözcüklerinin anlamı genellikle karıştırılır. Konfigürasyon belirli atomlar arasındaki geometrik ilişkiyi tanımlar. Örn. L ile D-‐formları arasındaki fark. Konformasyon ise bir moleküldeki her bir atomun 3D (uzaysal) ilişkisini gösterir. Na,f (doğal) protein Proteinler yapılarında serbest dönme olanağı veren tekli bağlar içerir. Teorik olarak, proteinler sonsuz sayıda konformasyona sahip olabileceği düşünülebilir. Ancak normal biyolojik şartlarda bir ya da birkaç «en stabil» konformasyon gösterirler. Proteinlerin bu değişmez yapıları spesifik biyolojik fonksiyonlarına bağlıdır. Fonksiyonel bir protein stabil olduğu natif form’undadır. Bir proteinin biyolojik fonksiyonu belirli bir konformasyonuna bağlı olduğundan, denatürasyonu biyolojik aktivitesinin kaybolmasına neden olur. Proteinlerde molekül ağırlık Bir proteinin molekül ağırlığı (Molecular weight: Mw) o proteinin büyüklüğü hakkında bilgi verir. İnsülin (51 aa): Mw 5,733 Da (5,7 kDa) Glutamin sentaz (468 aa): Mw 600,000 (600 kDa) Konnektin proteini-‐alfa -‐ Mw 2.8 million! Da= atomik kütle birimi (1.000 Da = 1 kDa) Konjuge proteinler Proteinlerde diğer kimyasal gruplar Yapısında protein olmayan grupları bulunduran moleküllere konjuge protein denir. Amino asit dışındaki kısım proteinin fonksiyonunda önemli ise, bu prostetik grup olarak adlandırılır. Bazı konjuge proteinler: Glikoprotein Lipoprotein Nükleoprotein Fosfoprotein Metalloprotein Hemoprotein Kromoproteinler Glikoprotein (protein+karbonhidrat) Glikoproteinler, proteinlerin karbonhidratlar ile yaptığı yapılardır. Glikoproteinlerin çoğu proteindeki asparajin ile N-‐ asetil-‐D-‐glukozaminler arasında kurulur. Glikoproteinler iki ana sınıftır: intraselüler ve salgılatıcı. Intraselüler glikoproteinler hücre membranında bulunur ve membran interaksiyonu ve tanıma (reseptör) rolleri vardır. Salgılatıcı (secretory) glikoproteinlere örnekler: plazma glikoproteinleri (karaciğerden salgılanır), troglobulin (tiroid bezinde üretilir) immünglobulinler (plazma hücrelerinden üretilir). Glikolizasyon N-‐bağlı glikolizasyon, glikan olarak bilinen oligosakkarit molekülün protein zincirine asparajin kalıntısının azotuna (N) bağlanmasıdır. Lipoprotein Lipoprotein protein ve lipidleri taşıyan biyokimyasal yapılardır. Beş çeşit lipoprotein vardır: Şilomikronler Çok düşük yoğunluklu lipoproteinler (Very Low Density Lipoproteins, VLDL) Intermediate Density Lipoproteins (IDL) Düşük yoğunluklu lipoproteinler (Low Density Lipoproteins, LDL) Yüksek yoğunluklu lipoproteinler (High Density Lipoproteins, HDL) Nükleoprotein (protein + nükleik asit) Nükleoprotein, yapısında nükleik asit (DNA veya RNA) içeren konjuge bir proteindir. DNA ile kombine olan protein genellikle kromozomlarda bulunan histon veya protaminlerdir. Fosfoprotein Fosfoproteinler yapısında fosfat içeren proteinlerdir. Sütte bulunan kazein ve yumurtada bulunan ovo vitellin örnek verilebilir. Metalloprotein Metalloproteinler yapılarında metal atomu bulunduran ve çok sayıda önemli biyolojik işlemlerde rol alan proteinlerdir. Metal atomu taşıyan birçok enzim önemli reaksiyonları katalize eder. Metalloproteinlere bazı örnekler: Süperoksid dismutaz, SOD) (Fe, Cu, Zn) Karaciğer alkol dehidrogenaz Zn içerir Serüloplazmin kanda Cu bulunduran en önemli proteindir. Demir, ferritin içinde Fe (III) olarak depo edilir. Hemoprotein Hemoprotein veya hem proteini, bir metalloprotein olup, yapısında bir hem prostetik grup yer alır. Bu tür bir protein hem grubu bulunmadan fonksiyon yapamaz. Hem’in merkezinde indirgenmiş bir demir atomu (Fe2+) yer alır. Kromoprotein Renkli bir prostetik grup ihtiva eden konjuge proteindir. Örn. Hemoglobin: yapısında demir içeren hem grubu bulunur. Myoglobin Sitokromlar Flavoproteinler Green fluorescent protein
© Copyright 2024 Paperzz