close

Enter

Log in using OpenID

Tıp_Ders5_Peptid bagı, peptidler, polipeptidler

embedDownload
Dr. Suat Erdoğan Sunum planı —  Peptid bağ kurulması — Proteinlerde sentez sonrası değişimler —  Peptid çeşitleri —  Konjuge proteinler Pep,d bağı (amid bağı) —  Peptit bağı, bir amino asitin karbonil karbonunu diğer amino asitin α-­‐amino azotuna bağlar. —  1 mol su açığa çıkar (dehidrasyon sentez reaksiyonu=kondenzasyon reaksiyonu) —  Peptid bağı etrafında çok az döner veya kıvrılır. Amino asitler pep,d bağlarını oluşturabilir —  Tüm proteinlerde COOH ve NH3+ grupları peptid bağı ile bağlanmış olduğundan H bağı kurulması dışında kimyasal reaksiyonlara katılamazlar. —  Peptid bağı kovalent yapıda, güçlü ve düzlemseldir. Bu sebeple, polipeptid zincir α-­‐C’ın yaptığı diğer bağlar etrafında dönebilir, kıvrılabilir. N-­‐terminal uç, C-­‐terminal uç Dipep,d (2 amino asit), Tripep,d (3 aa) Oligopep,d (15-­‐20 aa), Polipep,d=protein (bir çok aa) Glutatyon (GSH) Polipeptid=protein Amino asit dizgesi (sekans) primer yapıyı belirler —  Bir polipeptid zincirdeki tüm amino asitlerin sayısı ve sırası onun primer yapısını belirler. —  Peptitde yer alan amino asitler aminoaçil artığı olarak adlandırılır ve amino asitteki –in eki yerine –il getirilerek isimlendirilir (örnek, alanil, aspartil, tirozil). Lys-­‐Leu-­‐Tyr-­‐Gln è lizil-­‐lösil-­‐tirozil-­‐glutamin olarak adlandırılır —  Glutamindeki -­‐in son eki karboksil grubunun peptid bağ oluşumuna katılmadığını gösterir. Tek ve üç-­‐harfli kısaltmalar —  Tek-­‐harf sembolle gösterimde kısaltmalar arasında çizgi kullanılmaz. —  Üç-­‐harf kısaltmasında amino asitler çizgi ile birleştirilir, bu primer yapıyı gösterir. A T G A F L A F S I G Proteinler Proteinlerde 3D yapı —  Yeni sentezlenen polipeptidler, yapısal ya da fonksiyonel özellik kazanmadan önce mutlaka üç boyutlu yapılarına (konformasyon) katlanmaları gerekir. Sentez sonrası değişim —  Proteinlerin sentezi sonrası olgunlaşma sürecinde post-­‐
translasyonal değişimler (post-­‐translational modifications) peptide yeni kimyasal gruplar kazandırabilir veya ihtiyaca göre kısa peptid parçacıkları kaybettirebilir. —  Post-­‐translasyonal modifikasyonlar ile ilişkili bazı hastalıklar: —  Kanser —  Obezite —  Kardiyovasküler hastalıklar (CVD) Katlanma hataları —  Proteinlerin olgunlaşmasını (matürasyon) bozacak genetik veya beslenmeye bağlı yetmezlikler sağlığa öneli zararlar verebilir. —  Örnek: —  Creutzfeldt–Jakob hastalığı, —  Skrapi, —  Bovine spongiform encephalopathy (BSE, deli dana hastalığı). —  Alzheimer hastalığı —  Skorbüt hastalığı Konformasyon vs. konfigürasyon —  Konformasyon ve konfigürasyon sözcüklerinin anlamı genellikle karıştırılır. —  Konfigürasyon belirli atomlar arasındaki geometrik ilişkiyi tanımlar. Örn. L ile D-­‐formları arasındaki fark. —  Konformasyon ise bir moleküldeki her bir atomun 3D (uzaysal) ilişkisini gösterir. Na,f (doğal) protein —  Proteinler yapılarında serbest dönme olanağı veren tekli bağlar içerir. —  Teorik olarak, proteinler sonsuz sayıda konformasyona sahip olabileceği düşünülebilir. Ancak normal biyolojik şartlarda bir ya da birkaç «en stabil» konformasyon gösterirler. —  Proteinlerin bu değişmez yapıları spesifik biyolojik fonksiyonlarına bağlıdır. —  Fonksiyonel bir protein stabil olduğu natif form’undadır. —  Bir proteinin biyolojik fonksiyonu belirli bir konformasyonuna bağlı olduğundan, denatürasyonu biyolojik aktivitesinin kaybolmasına neden olur. Proteinlerde molekül ağırlık —  Bir proteinin molekül ağırlığı (Molecular weight: Mw) o proteinin büyüklüğü hakkında bilgi verir. —  İnsülin (51 aa): Mw 5,733 Da (5,7 kDa) —  Glutamin sentaz (468 aa): Mw 600,000 (600 kDa) —  Konnektin proteini-­‐alfa -­‐ Mw 2.8 million! —  Da= atomik kütle birimi (1.000 Da = 1 kDa) Konjuge proteinler Proteinlerde diğer kimyasal gruplar —  Yapısında protein olmayan grupları bulunduran moleküllere konjuge protein denir. —  Amino asit dışındaki kısım proteinin fonksiyonunda önemli ise, bu prostetik grup olarak adlandırılır. —  Bazı konjuge proteinler: —  Glikoprotein —  Lipoprotein —  Nükleoprotein —  Fosfoprotein —  Metalloprotein —  Hemoprotein —  Kromoproteinler Glikoprotein (protein+karbonhidrat) —  Glikoproteinler, proteinlerin karbonhidratlar ile yaptığı yapılardır. —  Glikoproteinlerin çoğu proteindeki asparajin ile N-­‐
asetil-­‐D-­‐glukozaminler arasında kurulur. —  Glikoproteinler iki ana sınıftır: intraselüler ve salgılatıcı. —  Intraselüler glikoproteinler hücre membranında bulunur ve membran interaksiyonu ve tanıma (reseptör) rolleri vardır. —  Salgılatıcı (secretory) glikoproteinlere örnekler: plazma glikoproteinleri (karaciğerden salgılanır), troglobulin (tiroid bezinde üretilir) immünglobulinler (plazma hücrelerinden üretilir). Glikolizasyon —  N-­‐bağlı glikolizasyon, glikan olarak bilinen oligosakkarit molekülün protein zincirine asparajin kalıntısının azotuna (N) bağlanmasıdır. Lipoprotein —  Lipoprotein protein ve lipidleri taşıyan biyokimyasal yapılardır. —  Beş çeşit lipoprotein vardır: —  Şilomikronler —  Çok düşük yoğunluklu lipoproteinler (Very Low Density Lipoproteins, VLDL) —  Intermediate Density Lipoproteins (IDL) —  Düşük yoğunluklu lipoproteinler (Low Density Lipoproteins, LDL) —  Yüksek yoğunluklu lipoproteinler (High Density Lipoproteins, HDL) Nükleoprotein (protein + nükleik asit) —  Nükleoprotein, yapısında nükleik asit (DNA veya RNA) içeren konjuge bir proteindir. —  DNA ile kombine olan protein genellikle kromozomlarda bulunan histon veya protaminlerdir. Fosfoprotein —  Fosfoproteinler yapısında fosfat içeren proteinlerdir. —  Sütte bulunan kazein ve yumurtada bulunan ovo vitellin örnek verilebilir. Metalloprotein —  Metalloproteinler yapılarında metal atomu bulunduran ve çok sayıda önemli biyolojik işlemlerde rol alan proteinlerdir. —  Metal atomu taşıyan birçok enzim önemli reaksiyonları katalize eder. —  Metalloproteinlere bazı örnekler: —  Süperoksid dismutaz, SOD) (Fe, Cu, Zn) —  Karaciğer alkol dehidrogenaz Zn içerir —  Serüloplazmin kanda Cu bulunduran en önemli proteindir. —  Demir, ferritin içinde Fe (III) olarak depo edilir. Hemoprotein —  Hemoprotein veya hem proteini, bir metalloprotein olup, yapısında bir hem prostetik grup yer alır. —  Bu tür bir protein hem grubu bulunmadan fonksiyon yapamaz. —  Hem’in merkezinde indirgenmiş bir demir atomu (Fe2+) yer alır. Kromoprotein —  Renkli bir prostetik grup ihtiva eden konjuge proteindir. Örn. —  Hemoglobin: yapısında demir içeren hem grubu bulunur. —  Myoglobin —  Sitokromlar —  Flavoproteinler Green fluorescent protein 
Author
Document
Category
Uncategorized
Views
3
File Size
3 653 KB
Tags
1/--pages
Report inappropriate content